Die Geschäftsstelle unterstützt das Präsidium und die Mitglieder des Schweizerischen Wissenschaftsrates SWR bei ihrer Arbeit, setzt die Ratsbeschlüsse um und ist für die administrativen Geschäfte zuständig.
Die Geschäftsstelle stellt dem SWR die nötigen Ressourcen und Informationen zur Verfügung, die für die Erfüllung des Beratungsauftrags notwendig sind. Je nach Bedarf nimmt die Geschäftsstelle hierfür anerkannte externe Fachkräfte in Anspruch. Sie ist ferner verantwortlich für den Informationsaustausch zwischen den Mitgliedern und koordiniert die Zusammenarbeit mit der Bundesverwaltung.