Le secrétariat soutient la présidence et les membres du Conseil suisse de la science CSS dans leur travail, met en œuvre les décisions du CSS et exécute les tâches administratives.
Le secrétariat fournit au CSS les ressources et les informations dont celui-ci a besoin pour accomplir sa mission consultative. Le cas échéant, le secrétariat peut faire appel à des spécialistes externes reconnus. Il est en outre responsable de l’échange d’informations entre les membres et de la coordination avec l’administration fédérale.