La segreteria presta sostegno alla presidente e ai membri del CSS nel loro lavoro, provvede ad attuarne le decisioni e svolge compiti amministrativi.
La segreteria fornisce al CSS le risorse e le informazioni necessarie per l'adempimento del suo mandato di consulenza. Se necessario si avvale della collaborazione di specialisti esterni riconosciuti. La segreteria è responsabile dello scambio d'informazioni tra i membri e coordina la collaborazione con l'Amministrazione federale.